Collin Veijer, Liqui Moly Husqvarna Intact GP
Het eerste deel van de kwalificatie was nog maar net van start toen de sessie voor Luca Lunetta alweer ten einde kwam met een forse crash in bocht 5. Vervolgens opende Yamanaka sterk door in zijn eerste run tot 1.47.979, voor Nicola Carraro, Farioli en Piqueras. Op Lunetta en Dettwiler na begonnen alle rijders vervolgens aan een tweede run, maar maar liefst acht rijders waren niet op tijd over start-finish voor een laatste poging. Pérez was een van de twee rijders die wel een laatste poging mocht wagen en dat bracht de KTM Ajo-rijder naar de vierde positie. Hij mocht zich vervolgens dus melden in Q2, evenals snelste man Yamanaka, Carraro en Farioli.
Achttien rijders meldden zich vervolgens voor de vijftien minuten durende strijd om pole-position in Portimão. David Alonso, de winnaar van de GP van Qatar, opende sterk door met zijn eerste ronde naar 1.47.190 te gaan. Die tijd scherpte hij vervolgens aan tot 1.46.898, maar dat was niet genoeg om P1 te behouden. José Antonio Rueda bleek met zijn tweede poging namelijk drie duizendsten van een seconde sneller. De Spanjaard van KTM Ajo voerde zodoende het veld aan na de eerste runs, voor Alonso en Daniel Holgado. Veijer begon rustig met de zevende tijd, maar na zijn tweede vliegende ronde keerde hij als nummer vier terug in de pits.
De tweede run werd echter het moment van de beslissing. Joel Kelso keerde als een van de eersten terug op de baan en met hulp van teamgenoot David Muñoz snelde hij met 1.46.438 naar een nieuw ronderecord. Een crash van Adrián Fernández zorgde vervolgens voor een gele vlag, maar in de laatste minuut kon iedereen toch nogmaals aanzetten. Kelso leek buiten bereik, maar met 1.46.379 ging de pole toch nog naar Rueda. Hij troefde Kelso met 0.059 seconde af, terwijl Alonso op P3 volgde met 0.118 seconde achterstand. Ook Holgado bleef binnen twee tienden en kwam tot de vierde positie, met Ricciardo Rossi en Veijer op de posities vijf en zes. Iván Ortolá klokte de achtste tijd op meer dan een halve seconde van Rueda, terwijl Farioli, Scott Ogden en Stefano Nepa de top-tien completeerden.
